From 497 images to a 3D-model

This subject makes you of course already guessing me writing about my thesis :).
In the end you are right.

While my dear Mac is generating a (clearly heavy for him) 3D-model, I decided to inform you a little bit more about my thesis work here.

Once there was a laboratory mouse (which didn't have a name, but only a number, the poor mouse) killed in Ghent - on a friendly manner ofcourse. It was put under a mirco CT scanner which divided the 1.5 to 2 cm of mouse lungs in 497 images, like the one below.

(so you have to imagine the mouse lying down with the head towards you and then you take a slice from front to back)


Now I'm making a 3D model of this, comparable with this model (which was made on the same data in America).

A little preview of the WIP in OsiriX (program 1a):


(I also have to compare it to what an other program makes of it, program 1b)
Once this is finished, it will be 'touched up' by some photoshop-like program (number 2).
Afterwards it will be exported to a format that is suitable for an other program (number 3 :)) in which I can measure (so not automaticaly...) all the diameters and lengths of the different arteries.

Once I got that and some other literature parameters, these data will be put in a Matlab model (program number 4) which will -after some adaptions and time- calculate pressure and flow.

Afterwards we will compare this with experimental data and eventually try to predict the effects of some diseases. But this will be for 2009 :).


I'm going back to OsiriX, the program that's driving my computer crazy.


Talk to you soon !



Annelies

Le temps et les plannifications

Bonjour!

Je suis rentrée de l'EPFL à la maison, comme (presque) jamais avant: en moins de 20 minutes. Pourquoi? Car j'était un peu frustrée à cause du temps et à cause des règles de l'EPFL.

Le temps.

On dit que Lausanne a un micro-climat. Je voudrais bien croire cela, mais à ce moment, plutot dans le sens négatif: Il pleut non-stop et il fait froid, déjà pour 2 jours. Les prévisions météorologiques parlent de la neige le jeudi, incroyable ! Alors, moi je vais changer mon quatrième pantalon mouillé depuis 2 jours...

Les plannifications.

Comme j'ai déjà dit, si un sujet a une evaluation permanente (grande ou petite), on ne peut PAS plannifier un examen dans la periode des exams en Janvier-Fevrier.
Donc la 'plannification' pour les prochaines semaines est:

05 nov: Examen partiel d'Advanced Transport Phenomena (30%)
(10 nov: presentation de case study de Managerial Accounting (40%))
27 nov: examen de cours de Français: presentation
02 dec: examen d'Introduction au droit et ethique pour LS&T (66%)
15 dec: examen de Managerial Accounting (60%)
16 dec: examen d'Introduction au droit et ethique pour LS&T(33%)
17 dec: examen d'Advanced Transport Phenomena (40%)


Joy !



Annelies

Wall of fame

one image says more than 1000 words...

Laat het u smaken

# Rejoice beloved readers, this time no German anymore ;-)

Deze week heb ik al verdomd veel culinaire trekjes vertoond. Zondagavond kwamen 'the girls' me helpen mijn dessertjes op te peuzelen. Met zelfgemaakte chocomousse (of beter 'schuim van chocolade'), fijne fruitsla en pannekoeken à la carte, werd het een geslaagd avondje.

Eline bakt pannekoeken

De volgende dag had ik, na een afwezigheid van enig slaatje hier in Zwitserland, voor mezelf een hele kom tonijnsla bereidt. Gesmaakt dat dat heeft ;-).


Gisterenavond was het dan International Evening, maar die heeft - door de grote mix aan verschillende gerechten - meer een klomp in mijn maag achtergelaten dan een nieuw uit te proberen recept. Onze 3-schakeringen chocomousse met witte chocoladen schilfertjes oogste succes. ;)

Vandaag zal het helaas niet zo een culinair hoogstandje zijn, aangezien de data voor mijn thesis eindelijk toegekomen zijn.


A +,


A.

Wieder in Frankreich - Wandertour zum Dent d'Oche

Heute ein weiteres Kapitel für Annelies' "minority report", mal wieder mit drei deutschen Physiker(innen) und einer Schwedin unterwegs in den Bergen. Dank der gestrigen Feier ging es erst um halb zehn los, diesmal um den Genfer See an höchst gelangweilten Grenzbeamten vorbei auf die französische Seite - Richtung Dent d'Oche, den man vom Lausanner Seeufer ständig vor Augen hat.
Nach sportlich-schnellem Aufstieg haben wir innerhalb von einer Stunde zweimal gefrühstückt, jeweils in der Sonne mit Blick auf den Mont-Blanc. Immer wieder ein tolles Gefühl, in den Bergen schmeckt doch alles gleich viel besser. Nicht geklärt haben wir, ob man den Berg kaufen könnte, entsprechendes Kleingeld vorausgesetzt :)
Die eine Deutsche, Noreen versuchte verzweifelt, die Flugkunststücke der Vögel, die in der steifen Brise sichtlich Spass hatten, mit der Kamera festzuhalten. Gut, von den 200 Fotos wird hoffentlich eins was geworden sein...

Hier Philip und Annelies vor dem Gipfelpanorama

Inzwischen Tradition der Gipfelschnaps, zu dem sich jeder auch noch kluge Worte einfallen lassen muss. Nach der zehnten Wanderung fällt einem aber spätestens nichts mehr ein.
Beim Abstieg hat Philip uns dann erstmal erklärt, er sähe eine Gazelle...

Zur Erinnerung: eher in den Savannen Afrikas zu finden. Es waren also eher Steinböcke, die wenige Meter vor uns herumgeturnt sind und sich von fünf Erasmus-Studis auch nicht beeindrucken ließen.
Auf dem Rückweg begannen die obligatorischen Fußschmerzen, so dass wir glücklich zu Philip's bravem Renault zurückkehrten, der uns schon zu so manchem Bergabenteuer begleitet hat. Hoffentlich nicht zum letzten Mal.


Vielleicht gewöhne ich mich irgendwann an die belgische Tastatur.
Grüße nach Belgien - Oli

Gratis boeken...

de bibliotheek hier ruimt constant boeken op, die dan gratis door studenten mogen meegenomen worden.
Vandaag nam ik hier uit de rekken:

• Vascular Dynamics: Physiolocial Perspectives
• Impedance Cardiography, Lamberts, Zijlstra & Visser
• The Journal of Gene Medicine, dec 2007

Volgens ondere andere deze link heb ik hiermee een cadeau van 266CHF tot 68 $. Dankje EPFL !

De Financiële Crisis

Zwitserland pompt 4 miljard euro in UBS om de bank een beetje op te krikken. Veel nieuws onder de zon is dat niet meer, nadat quasi elke regering dat ondertussen al gedaan heeft.

Wel vermeldt hetzelfde artikel dat de bank, die sinds een dikke maand ook een account op mijn naam herbergt, voor het eerst winst gaat maken. Het zal dan toch niet van mijn kapitaal afhangen ;-)

Financiële crisis is het ook als je hier weggaat. Gisteren was het Erasmus Xchange pubnight in Darling. Ik was er nog nooit geweest, maar dat zou zeker veranderen. Lang geleden dat ik nog zo sterk gedanst heb én dat ik nog zoveel betaalde voor een simpele limonade/cola...


Enfin, we gaan het vandaag goedkoop houden, niet naar de German Night trekken en nog een beetje werken :)

Jobfair à la EPFL

Dat er iets speciaals ging komen konden we al in onze mailbox merken, een 10tal dagen zien...

en ook de website liet de ernst van de zaak doorschijnen.
De Forum-Pocket Guides (incl. wedstrijd) lagen verspreid over de verschillende cafetaria's en restaurants.


Het begon allemaal met 5 dagen lang bedrijfspresentaties (veelvouden van 30 min) afgewisseld met een aantal Round Tables. Gisteren en vandaag dan dé Jobfair.


Standen (steeds een veelvoud van 6 vierkante meter) verspreid over de gangen van 3 verdiepingen van een lesgebouw én een bijhorende stevige tent buiten. De connectie tussen de twee werd verzekerd door een resem tentjes die de bezoekers moesten beschermen tegen de potentiele regen (zei iemand, 22 graden en klare hemel?). Standen zelf waren opgebouwd uit 'mooie' elementen.


Op de jobfair werd ons door 'success & carreer' een knoerd van een gids in de handen gestoken met tips voor het schrijven van een CV en appliceren voor een job. Vanuit het Forum zelf werd er ook een gids gemaakt, maar die heb ik helaas niet.

Gisteren werden mijn ogen, smaak- en geurpapillen al sterk geprikkeld bij het paseren van de polyvalente zaal: Alle bedrijfsrepresentatives (in kostuum) kregen een meer dan uitgebreide maaltijd voorgeschoteld van een cateraar.

Het organiserend comité bestaat uit studenten, maar geen idee wat hun link is met AgePoly of de universiteit...

De overige details in beeld...










Annelies De Beule voor de VTK ideedienst, EPFL, Lausanne, Zwitserland

Avondjes weg & avondjes thuis.

Ik verschiet wel even dat het hier allemaal zo snel voorbij vliegt, bij het zien van de laatste blog-datum.

Eventjes kort mijn weekje schetsen:
Maandag: op de lessen na, een hele dag bezig geweest met het voorbereiden van de 'Introduction au droit et ethique pour les sciences et technologies de la vie'. Iets dat elke maandag met zijn ongeveer 40 pagina's te lezen Franse teksten, zal terugkomen.
Dinsdag: Een loopje geplaatst na de lessen met Oli. Bij de diagonalen daarna mijn bovenbeenspier verrokken. Ai ai al die trappen en ai ai die dagelijkse brug :(. 's Avonds was het dan nog Welcome Fondue van de dienst internationale betrekkingen van de EPFL (beter laat dan nooit). Gesmaakt heeft het alvast !



Woensdagavond was het EBEC online meeting en door de redelijk lange duur daarvan en het feit dat het stad zo ver is, ben ik niet meer op de pubnight geraakt... Volgende week beter !
Donderdagavond is voor mij helaas geen uitgangsavond, aangezien - en beschouw mij nu niet als een watje- vrijdagochtend voor mij de moeilijkste les van de hele week op het programma staat: Stem Cells. Het is dé perfecte les vlak voor het weekend en vlak voor de danslessen, want gefrustreerd kom ik altijd buiten.
Vrijdagmiddag zijn we op bezoek geweest bij Philippe, onze thesisbegeleider, die ons nu eindelijk een beetje concreter werk geleverd heeft. Ik ga alvast op zoek naar een meer gedetailleerde anatomie van de longen van een muis dan deze. (ik heb ook de bloedvaten nodig en niet de gewone lobbenstructuur)


Vrijdagavond heb ik mijn duitse kennis nog een beetje bijgeschaafd, zowel op cultureel als op taaltechnisch vlak. Blijkbaar hebben de Duitsers (of moet ik zeggen Duitse studenten?) niet de gewoonte om steeds het bekende trio 'vlees-groenten-zetmeel' te eten. Op het menu stond immers 'gratin' and that's it ! De groentjes (wortelen en paprika) werden in een rare dipsaus gedipt op basis van quark, ajuin en kruiden. Mijn versie van tomaten met mozarella en basilicum viel ook wel in de smaak. Ze zagen er ongeveer zo uit :)


Zaterdag was gepland als een werkdagje, maar het mooie weer en afleidende kinderen staken er een stokje voor. De plaatselijke Aldi heeft nu ook geen geheimen meer voor mij.
Zondag is Taxi Thibo met zijn 4 Belgian Angels richting Vevey en Lutry getrokken. Mooie vorken en lekkere ijsjes hebben ze daar !

Zondagavond was het fondue-time in les Triaudes (het kot van Thibo) mét als afsluiter de fles Liefmanskriek die Emmylou uit België meegesmokkeld had.

Een stoofpotje van ...

....frustratie...

Deze morgen mochten we voor het eerst kennismaken met een paar bizarre regeltjes van de EPFL. Zo zijn de vakken die met permanente evaluatie werken bijvoorbeeld verplicht - althans volgens een aantal medestudenten bij Advanced Transport Phenomena - om alle evaluaties in het jaar af te nemen. Geen examen in de examenperiode dus, tenzij iedereen die het vak volgt tekent voor akkoord.
Gevolg daarvan was dat het voorstel om de examenreview te geven in de voorlaatste week en het examen op 17 december voorlopig de bovenhand haalde. (Het klinkt wel heel 'middelbaar', 2 examens op 3 dagen - op 15 december staat het examen managment accounting gepland - mét nog gewone lessen ertussen)
Gelukkig bleek achteraf uit een gesprekje met de prof dat ze er zelf ook niet zo een voorstander van is en een beter voorstel via mail zal formuleren.

... en twijfel...

Na de les snel naar het sporthuis geweest om te gaan inschrijven voor een skiweekend 29 en 30 november. Helaas werd ik door de twijfel geslagen ter plaatse, aangezien bleek dat de Duitse vrienden meegaan met het skiweekend voor gevorderden in Verbier (195 CHF op hotel) en de groep van de Belgen inschreven is voor het weekend in les Diablerets (125 CHF in jeugdherberg) voor beginners incl. lessen én beperkte (?!) skipas.
Voorlopig staan mijn gedachten meer op het minder gevorderd skiweekend, omdat het tenslotte 2 jaar geleden is dat ik op de latten gestaan heb en voorzichtigheid de bovenhand moet houden op hoogmoed.

... op een bedje van werkjes.

Nieuw en te verkennen in het boekenrek sinds vandaag:

Grenoble: Taste & Enjoy Life !

Gegroet trouwe lezer !


Dit weekend trok ik richting Franse Alpen, meer bepaald naar Grenoble, waar Hannes (net als Yoo Na, maar die was op mountainboardweekend) de Erasmuservaring van zijn leven beleeft.


De treinrit heen gaf mij al een mengeling aan indrukken. Na de zware controle aan de grens in Geneve (vous n'avez pas plus de 10 000 euro avec vous?) reed de TER indrukwekkend dicht langs een lang en uitgestrekt meer. Natuurlijk niet te vergelijken met lac leman, al was het maar omwille van de afwezigheid van de dorpen langs de oever en de eeuwige zeilboten op het meer.
Daarna bracht de trage sneltrein ons de stad binnen langs een kant die een niet al te beste indruk naliet: veel verkrotting, grafitti, wanorde... Als neo-Zwitserse een hele schok ;-)

Grappig was ook het feit dat in het station van Grenoble twee (facebook) bekenden de trein uitstapten. Twee meisjes die ook op Erasmus in Lausanne zijn, die residentie-vrienden vanin Engeland gingen bezoeken. Vrienden die dan ook nog helemaal toevallig op dezelfde residentie zaten dan Hannes: de wereld is klein !

's Avonds hebben we dan met hen gedineerd, met een typisch internationaal Erasmussfeertje. Blijkbaar was het eerste weekend ongeschreven uitgeroepen tot hét bezoekweekend voor de mensen die niet naar de oktoberfesten in Munchen gingen.


Zaterdag Grenoble onderworpen aan een verdere inspectie en velo. Na de middag de fiets laten staan en de benen genomen richting la bastille, alwaar het uitzicht het idee over Grenoble wel iets verbeterde. De Grenoblezen zijn zelfs zo trots op het uitzicht dat ze er spontaan een kabelliftje voor geïnstalleerd hebben.


's Avonds hebben we de gezamelijke kookskills bovengehaald en een wokgerecht uit onze mouwen getoverd. Geïnteresseerden mogen steeds raden naar de ingrediënten ;-).


Dat Lausanne niet de enige dure studenten-bestemming is, kon ik 's avonds merken door een blik te werpen op de prijzen van de verschillende bieren in de studentencafés. Mij lijkt het -voorlopig- alsof Grenoble een uitgebreider nachtleven heeft dan Lausanne, maar dat kan ook volledig aan mijn door-de-afstand-beperkt nachtleven hier liggen ;-).

Zondag was markt- en slenterdag, met een braderij op de koop toe. Door het Annelies-bepaalt-de-weg spelletje, staan er op Hannes' kaartje toch een paar extra nieuw ontdekte en te herinneren plekjes. Ik denk maar aan een café waar je bij je koffie strips kan lezen, de plaatselijke kruidenmarkt, de lokale muziekschool en een bakker met een leuke slogan.


Hopelijk heb ik nog tijd genoeg om de plekjes die mijn bezoekers hier voor mij ontdekken te bezoeken ;).

Zondag viel het ons trouwens ook op hoeveel sneeuw er niet bijgekomen was op de toppen van de bergen die nacht. Hetzelfde vertelde mijn gratis krantje mij vandaag.



Voor de potentiele bezoeker, nog een paar extra details en veranderingen:
* Treinen doe je best tot in Renens en niet tot in Lausanne, dat is dichter én minder duur :)
* Mijn (hopelijk) enige tussentijds examen is een weekje vervroegd, van 12 naar 5 november, bijgevolg komt het (voor jullie verlengde) weekend van 11 november vrij voor bezoekers... * hint hint *

Na zo een amusant weekendje, komt natuurlijk dé dobber: veel werk...